1、知識不足，形成心理障礙
企業實施MES往往是兩種不同知識結構的人才，一種是傳統的IT人員，另一種是工業控制人員（或設備管理員），因為MES是一個專業交叉強大的綜合項目，兩種人員由于知識結構差異（IT人員不熟悉設備、控制等，工業控制人員不熟悉IT），所以無論誰領導MES項目實施都有一定的心理障礙，即使有些企業在實施MES的過程中將這兩種人才整合成一個項目團隊，但如果雙方缺乏合理的溝通機制，理解往往存在偏差。
2、前期信息化實施矛盾集中體現
許多企業實施MES軟件的動機來自早期信息項目，特別是ERP項目實施應用在一定程度上，應用更好的客戶，在ERP深化應用的過程中，發現只有ERP系統不能很好地解決生產管理問題（如信息及時反饋、質量管理、先進計劃排程等）。希望通過MES的實施來解決以前的問題，因此早期ERP等項目應用中的矛盾無疑是IT人員的一個巨大挑戰。此外，MES的定位是制造執行系統，許多人認為它抓住了“救命稻草”，希望通過MES解決所有涉及生產管理的問題。
3、個性強，涉及企業核心業務
因為MES軟件的實施必然涉及到制造企業的核心業務——生產，而且非常個性化，所以企業在實施MES時非常謹慎，經常采取保守的策略，畢竟，生產線經不起折騰。
4、系統龐大，誰先誰后缺乏認識
這樣一個系統是巨大的。模塊與模塊之前的邏輯關系如何？先實施那個，再實施那個？實施的前提是什么？非常復雜。
5、與ERP等系統之間的邊界不清楚
同時，MES在功能描述上與ERP相同，在功能上也有一定的重疊和交叉，那么真正的內涵和延伸呢？如何定義它們之間的邊界？如果沒有對ERP和MES的深入研究，就很難定義它們。
6、不同的供應商關注不同的焦點
此外，由于進入該領域的背景不同，MES解決方案的供應商也有不同的關注點。今天強調界面，明天強調質量，這些企業似乎都需要，但如何選擇真正適合自己的，給企業的選擇和決策帶來了困難。
上述情況的本質原因是企業對自身MES軟件需求的需求和理解。如果企業對需求有清晰的認識，上述問題就不會成為問題。